A bazilika első szintjéről lépcsők vezetnek le szent Ferenc sírjához. Amikor először jártam itt épp szentmise folyt, mi pedig megihletődve ereszkedtünk le, majd kitárult előttünk a sir és a köréje kiképzett kápolna. A hely egyszerűséget, szentséget sugároz. Nincs tele márványozva, nincsenek arany díszek. Egyszerű táblácska hirdeti San Francesco 1182-1226.
Szent Ferencet 1226 október 4-én temették el Assisiben, a szent György templomban. 1230 május 25-én a holttestét átvitték a tiszteletére épült bazilikába. Attól való félelemben. hogy az ereklyét el ne lopják ismeretlen helyre temették. Hosszú ideig senki sem tudta, hol vannak elfalazva.
Mivel a sír pontos helye ismeretlen volt, időről időre kutatásokba, ásatásokba kezdtek: 1570, 1607, 1740-58. De mind eredménytelenek maradtak, és így sokan feladták a reményt, hogy Ferenc havai valaha is előkerülnek.
1807: Nicolo Papini minorita generális kezdte újra az ásatást. Ő levéltári forrásokból arra következtetetett, hogy a sírnak a főoltár alatt kell lennie. 1807 végén fogtak munkába 8 laikus testvér segítségével folyosót vágtak a sziklába, amin túl vastag mész és vakolatrétegre bukkantak, és egy mély üregre. Ez azonban egyik elődje Tebaldi atya kutatásainak maradványa volt. Felfüggesztették a munkát, és a következő év őszén folytatni akarták, de a napóleoni háborúk miatt 10 év szünet következett.
1818 ősze: Giuseppe Maria de Bonis minorita generális VII. Piusz pápa engedélyével folytatta elődje munkáját, és északi irányba bővítették a Papini-féle folyosót. 52 napon át tartott a munka, míg december 12-én egy hatalmas tufa kövek közé ágyazott márvány szarkofágot találtak. Rögtön fel is nyitották, és abban hiánytalanul megtalálták a Szent teljes csontvázát.
A mellette talált tárgyakat a régi káptalani teremben állították ki.
VII. Pius pápa megbízta az assisi, perugiai, spoletói és folignói püspököket, hogy vizsgálják meg az ereklyét. Ők kedvező jelentést adtak, mire a pápa egy újabb bizottságot nevezett ki: 4 bíboros, 4 prelátus, és 3 teológus vizsgálta a maradványok eredetiségét.
1820. szeptember 5.
Assisensem basilicam konstitúció: kijelentette, hogy az assisiben talált csontváz Szt. Ferenc hiteles és valódi ereklyéje.
Kimondta: helyükről nem vihetők el, csak az általa később meghatározandó ünnepeken mutathatók meg, kivéve a fejedelmeket, bíborosokat és római prelátusokat. Hivatalos őrzői: az assisi püspök, a minorita generális és a Sacro Convento kusztosa.
Új feladatként jelentkezett, hogy ki kellett alakítani egy kápolnát. Pasquale Belli pápai építőmester tervei alapján, neoklasszicista stílusban Giuseppe Brizi assisi építőmester készítette el hat hónap alatt a sziklába vágott kápolnát, vagy kis templomot, háromszintesre bővítve immár az eddig kétszintes bazilikát.
A kripta felszentelése: 1824. október 4-én volt. E napon az ereklyéket körül vitték a városon, majd az este folyamán még kb. éjfélig közszemlére kint hagyták az oltáron. Éjfél körül Galeffi bíboros protektor a jelenlévők szeme láttára lepecsételte, és a templom közepén lévő monumentális sírba zárta az ereklyetartót.
Balanyi György, 1927-ben még ezt írta: „Azóta változatlanul ott nyugszik a poverello porhüvelye.” Ez igaz, azonban azóta volt még egy felnyitás.
1932-ben restaurálta és alakította át a ma is látható egyszerű és szikár, neoromán stílusban a Sír Kápolnát Ugo Tarchi (1925-32.) Az oltár felett, egy fém ráccsal védve látható az a kőkoporsó, vagy urna, amibe a szent testét eredetileg is elhelyezték.
Ugyancsak 1932-ben helyzeték el a kripta szentélyének sarkaiban Ferenc négy egykori társának, kísérőjének Boldog Rufinnak +1249, Angelusnak +1258, Masseusnak +180 és Leónak + 1271 földi maradványait. A kripta bejáratánál találjuk Boldog Jacopa de’Settesoli +1230 sírját .
Az ívekben függő fém lámpásokat is Ugo Tarchi tervezte (1939-ben), melyekben az itáliai városok által felajánlott fogadalmi olaj ég.